In 1967 richtte de onderzoeker de nonprofit-organisatie Eurotransplant op, dat de internationale donatie van organen coördineert. Daarnaast was hij van 1966 tot 1991 hoogleraar immunohematologie aan de Universiteit Leiden en leverde daar een belangrijke bijdrage aan de transplantatiegeneeskunde.

Van Rood ontrafelde een belangrijke factor bij het matchen van donor en ontvanger, het Human Leukocyte Antigen (HLA)-systeem. In 1968 was hij betrokken bij de eerste beenmergtransplantatie

Van Rood richtte in 1988 Matchis op, het Nederlands centrum voor stamceldonoren. Sinds 2010 kent de Leidse universiteit het Jon J. van Rood Centrum voor Klinisch Transfusiegeneeskundig Onderzoek.

Hij kreeg verschillende prestigieuze prijzen voor zijn werk, waaronder de Duitse Robert Kochprijs (1977) en de Israëlische Wolfprijs voor geneeskunde (1978).