Het Japanse ruimteagentschap JAXA heeft in totaal 1500 minuscule deeltjes in de capsule aangetroffen en onder de elektronenmicroscoop gelegd. Ze bestaan uit gesteente dat in vrijwel alle gevallen van buitenaardse afkomst is.

Eerder bestond nog de vrees dat om materiaal van de ruimtesonde of andere vormen van 'vervuiling' zou kunnen gaan. Hayabusa bracht in 2005 een bezoek aan Itokawa, om daar bodemmateriaal te verzamelen.

Maar tijdens de missie ging er zo veel mis, dat tot nog toe onzeker was of de ruimtesonde überhaupt wel planetoïdenmateriaal had weten op te vangen.

Nu dat inderdaad gelukt blijkt te zijn, heeft Japan een primeur: het is het eerste land dat materiaal van een ander hemellichaam dan de maan naar de aarde heeft gebracht.