Op zijn Ducati bleef hij op het circuit van Motegi de Italiaan Andrea Dovizioso voor, die van poleposition was gestart. Dovizioso's landgenoot Valentino Rossi eindigde als derde.

De Spanjaard Jorge Lorenzo, leider in de tussenstand, kwam als vierde over de finish. Na het wegvallen van zijn grootste concurrent en landgenoot Dani Pedrosa, die vrijdag een sleutelbeen brak, kan Lorenzo de wereldtitel nauwelijks meer ontgaan.

Vorige maand won Stoner ook de GP van Aragon.