Aantjes was onder meer fractievoorzitter van zijn partij en veertig jaar geleden nauw betrokken bij de oprichting van het CDA. Daarvoor was hij onder andere fractievoorzitter van de Anti-Revolutionaire Partij (ARP) dat dus samen met de CHU en de katholieke KVP op ging in het CDA. 

Hij moest in 1978 aftreden na ophef over zijn vermeende oorlogsverleden. Hij zou lid zijn geweest van de Waffen-SS. Later werd hij gerehabiliteerd toen bleek dat hij zich had aangesloten bij een Nederlandse afdeling van de SS om vanuit Duitsland terug te kunnen naar Nederland.

De historicus die het verhaal naar buiten bracht, Loe de Jong, stelde bovendien dat hij kampbewaarder was geweest. Hij zou echter gevangen hebben gezeten in een strafkamp.

Toch werd Aantjes verweten dat hij dit lidmaatschap eerder had verzwegen. Hij zou er mogelijk ook om zijn gechanteerd door mensen die op de hoogte waren van zijn oorlogsverleden. Na zijn aftreden werd Aantjes opgevolgd door de latere premier Ruud Lubbers.

In een gezamenlijke reactie stellen CDA-leider Sybrand Buma en partijvoorzitter Ruth Peetoom dat Aantjes zich vanaf het begin heeft ingezet voor "een waardengedreven CDA". Met zijn opstelling "is hij voor de partij blijvend van grote betekenis. Tot zijn dood was hij met hart en ziel bij de partij en de politiek betrokken. Onze gedachten zijn bij zijn vrouw Ineke en zijn kinderen".

Afgelopen jaren liet Aantjes nog af en toe van zich horen. Zo was hij fel tegenstander van de samenwerking tussen het CDA en de PVV van Geert Wilders. Hij vreesde daarbij voor de toekomst van de partij.

In februari 2012 zei hij daarover in een interview met NU.nl: "De prijs die we hebben betaald is al zo groot geweest, we zijn niet bereid om daar nog meer voor te betalen. Wat kan het CDA nou nog gebeuren? Kunnen we nog meer verliezen? We hebben haast niets meer te verliezen. Laten we nou maar in godsnaam onszelf worden."