Op 9 augustus 1986 staat Mercury, geboren als Farrokh Bulsara, voor het laatst op het podium met Brian May, Roger Taylor en John Deacon, de overige leden van Queen. De mannen sluiten die avond hun Magic Tour, ter promotie van hun album A Kind of Magic, af in Knebworth (Engeland). Twee maanden eerder traden ze nog drie avonden op in de Groenoordhallen in Leiden.

Mercury is in 1986 nog niet officieel gediagnosticeerd met aids, de ziekte die hem uiteindelijk op 45-jarige leeftijd fataal wordt. Wel zegt Peter Freestone, goede vriend en personal assistent van Mercury, dat de zanger toen al dacht ziek te zijn. In april van 1987 krijgt de artiest van een dokter te horen dat hij aan aids lijdt.

Deze diagnose betekent echter nog niet het einde van Mercury's carrière. Zijn verslechterende gezondheid zorgt ervoor dat hij niet meer kan toeren, maar hij is nog wel geregeld in de opnamestudio te vinden. Zo brengt hij in 1988 het album Barcelona, een samenwerking met operazangeres Montserrat Caballé, uit. Enkele nummers hiervan spelen ze datzelfde jaar nog live tijdens het La Nit Festival in Barcelona, wat het laatste publieke optreden van Mercury is.

Ook met zijn bandmaten van Queen duikt hij nog de studio in. Zo verschijnt in 1989 (drie jaar na A Kind of Magic) het album The Miracle, dat zowel in het Verenigd Koninkrijk als Nederland de eerste plaats bereikt en de hit I Want It All voortbrengt.

In die tijd weten nog maar weinig mensen dat Mercury ernstig ziek is. Hij vertelt het een kleine groep intimi, maar zijn familie en de bandleden van Queen zijn hier niet van op de hoogte. Queen-gitarist May vertelt later in interviews dat hij er pas iets meer dan een jaar voor Mercury's dood achterkwam wat er speelde. "We wisten lange tijd niet wat er precies met hem aan de hand was en het was een ongeschreven regel dat we er niet over praatten, want dat wilde hij niet", aldus May.

De toestand van Mercury, die sowieso al zo min mogelijk over zijn persoonlijke leven vertelt en de laatste jaren haast niet meer in het openbaar verschijnt, wordt een onderwerp van speculatie in de media. Een interview waarin zijn voormalig geliefde en manager Paul Prenter vertelt dat enkele mannen met wie Mercury het bed heeft gedeeld, zijn overleden aan aids maakt de geruchten hardnekkiger. Mercury zelf blijft echter ontkennen dat hij ernstig ziek is.

In februari van 1990 verschijnt Mercury voor het laatst in het openbaar. Samen met de bandleden van Queen neemt hij een prijs in ontvangst tijdens de uitreiking van de BRIT Awards. Mercury, die er dan behoorlijk vermagerd uitziet, laat het woord aan May en spreekt zelf slechts de woorden: "Thank you, good night."

Achter de schermen wordt er echter nog volop gewerkt aan een album. Innuendo moest eigenlijk al voor het einde van 1990 verschijnen, maar de opnames lopen vertraging op door de gezondheid van de zanger. May maakt zich zorgen of Mercury het voor het moment toepasselijke nummer The Show Must Go On nog wel zou kunnen zingen. Als hij zijn zorgen bij Mercury uit, reageert die met de woorden "I'll fucking do it, darling", waarna hij wat wodka achterover gooit en de vocalen in één keer in zingt.

Het album Innuendo verschijnt uiteindelijk in februari 1991 en behaalt weer de eerste positie in de albumlijst. Bij het nummer These Are The Days Of Our Lives wordt enkele maanden voor Mercury's dood nog een videoclip opgenomen. Het is de laatste video die hij maakt.

De laatste periode van zijn leven brengt Mercury vooral door in zijn huis Garden Lodge in Kensington (Londen). Hij woont hier de laatste jaren van zijn leven samen met zijn partner Jim Hutton. Hutton verzorgt Mercury in de periode dat hij steeds zieker wordt.

Na hun laatste trip naar het door Mercury zo geliefde Montreux in Zwitserland besluit de zanger te stoppen met zijn medicatie. Een dag voor zijn dood maakt hij een einde aan de aanhoudende geruchten over zijn toestand.

"Ik wil bevestigen dat ik hivpositief ben en aids heb. Het voelde correct om deze informatie privé te houden, om de privacy van mijn naasten te beschermen. Het is tijd voor mijn vrienden en fans over de hele wereld om de waarheid te horen en ik hoop dat iedereen mij, mijn doktoren en iedereen die vecht tegen deze verschrikkelijke ziekte kan steunen."

Mercury overlijdt op 24 november 1991 in het bijzijn van zijn partner aan een longontsteking als gevolg van aids.