De stichting kreeg in 2014 ruim 200.000 euro subsidie voor emancipatieprojecten van het ministerie van Onderwijs. Dat bedrag werd teruggeëist omdat deugdelijke onderbouwing van de uitgaven zou ontbreken. De bestuursleden beschuldigden oud-voorzitter Henk Krol dat hij het overheidsgeld had misbruikt om de Gay Krant overeind te houden. Het blad ging later failliet en maakte een doorstart online.

In februari 2017 werd door de rechter bepaald dat Krol het overheidsgeld niet hoefde terug te betalen. Omdat de voormalig bestuursleden van de SVGK vreesden dat zij de subsidie zelf moesten terugbetalen, spanden ze persoonlijk een tweede zaak aan. In hoger beroep werd in september 2017 bepaald dat er geen bewijs was voor misbruik van de subsidie. Waarmee de bestuurders volgens de rechter "geen vrees meer hoefde te hebben".

Wel werd er nog een hoger beroep aangespannen voor de uitspraak uit februari 2017, die vanuit de stichting tegen Krol liep. Het hof heeft daarin nu het vonnis van februari bekrachtigd. Daarmee is de zaak tegen Krol definitief afgerond.