Volgens het Europees Hof moet Nederland de gevolgen van de veestapel of het in de bodem brengen van meststoffen wetenschappelijk toetsen.

Ook moet er worden uitgegaan van de huidige, feitelijke situatie en niet het verwachte natuurherstel. Hiermee zouden dus geen vergunningen uitgegeven kunnen worden op basis van een verwachte stikstofreductie in de toekomst.

Het Europees Hof van Justitie heeft dat bepaald in twee zaken die Nederlandse milieuorganisaties hadden aangespannen over nieuwe vergunningen voor landbouwbedrijven bij zogeheten Natura 2000-gebieden in Gelderland, Limburg en Noord-Brabant. De Natura 2000-gebieden zijn 162 beschermde natuurgebieden waarvan 118 te maken hebben met overbelasting door stikstof.

Uitbreiding van boerenbedrijven zorgt voor extra stikstof in de omgeving. Daardoor verzuurt de bodem met funeste gevolgen voor bepaalde planten en dieren, terwijl EU-landen kwetsbare natuurgebieden, zoals De Peel, juist moeten beschermen.

Het PAS is aan de ene kant gericht op het omlaag brengen van stikstofemissies en aan de andere kant moet het voor "nieuwe economische activiteiten" zorgen. Critici, waaronder natuur- en milieuorganisaties, zijn echter van mening dat deze nieuwe economische ontwikkelingen alleen "wenselijk zijn in gebieden waar de stikstof feitelijk ook echt gedaald is".

De Raad van State had het EU-hof om advies gevraagd en moet nu invulling geven aan de uitspraak. Die zou kunnen betekenen dat het PAS moet worden aangepast.