De provincie Overijssel heeft 29 veehouders onterecht natuurvergunningen verleend voor het houden van vee in stallen. De rechtbank stelt in de meeste gevallen dat het niet met zekerheid te zeggen is dat de veehouderij geen beschermde natuurgebieden zal aantasten. Daarom moet de provincie de vergunningaanvragen van de veehouders opnieuw behandelen.

De meeste veehouders zouden emissiearme stalsystemen krijgen. Die moeten leiden tot minder stikstofuitstoot vergeleken met gewone stallen. De provincie had in de natuurvergunning rekening gehouden met de lagere uitstootfactoren, terwijl er volgens de rechtbank "twijfel bestaat" of de stalsystemen wel echt zorgen voor minder stikstofemissies.

In twee rechtszaken oordeelde de rechtbank dat de veehouders geen natuurvergunning nodig hadden. Daarom kon de provincie deze natuurvergunning niet verlenen aan de bedrijven.

De rechtbank heeft ook geoordeeld dat de provincie beter moet onderzoeken of bijvoorbeeld beweiden en bemesten negatieve effecten kunnen hebben op de beschermde Natura 2000-gebieden. Het gaat in deze gevallen om het laten grazen van vee in de wei en het bemesten van land. Volgens de provincie hebben veehouders hier geen natuurvergunning voor nodig.

De rechtszaken zijn aangespannen door Mobilisation for the Environment (MOB) en Vereniging Leefmilieu (VL). De milieuorganisaties voeren verschillende stikstofzaken, onder meer over afgegeven natuurvergunningen.