Ook sloten, beken, vijvers, grachten en kleine plassen zijn verontreinigd. Door de slechte waterkwaliteit loopt de drinkwatervoorziening volgens de organisatie gevaar. Kosten voor drinkwater kunnen gaan stijgen, omdat putten gesloten moeten worden.

Meer dan twintig waterwinputten in Oost- en Zuid-Nederland zijn in de afgelopen jaren gesloten, omdat het water te sterk was vervuild met meststoffen.

Ook zijn er tussen 2000 en 2015 in 89 waterwinputten hogere doses meststoffen gemeten dan wettelijk is toegestaan.

Belangrijkste conclusie uit het rapport is dat er in de waterschapssector langs elkaar heen wordt gewerkt. Verantwoordelijkheden zijn versnipperd en er is nauwelijks toezicht op de naleving van regels.

Vrijwel niemand weet hoe het gesteld is met de waterkwaliteit in sloten, vijvers, beken en kleinere wateren - goed voor een derde van al het Nederlandse oppervlaktewater - en dat komt door een gebrek aan metingen.

Met name dierlijke mest, bestrijdingsmiddelen uit de landbouw en riooloverstort na extreme regenbuien vervuilen het water. Ook resten van medicijnen verontreinigen het water. Er is volgens Natuur & Milieu geen enkele aanpak in Nederland om dit tegen te gaan.

In de laatste jaren zijn bij zes op de tien meetpunten overschrijdingen van de maximumnorm voor bestrijdingsmiddelen vastgesteld. Vooral in gebieden met glastuinbouw, bloemkwekerijen, bollenteelt en vollegrondsgroenteteelt worden die bestrijdingsmiddelen volgens het rapport toegepast.

Waarschijnlijk zal Nederland niet op tijd voldoen aan de Europese Kaderrichtlijn Water en kan de Europese Commissie boetes opleggen.

Het doel was om over vier jaar deze overschrijdingen tot nul terug te brengen, maar deskundigen hebben aan Natuur & Milieu laten weten dat Nederland naar verwachting niet op tijd aan die eis zal voldoen.