Dat heeft staatssecretaris Wilma Mansveld (Infrastructuur) besloten, zo heeft ze woensdag aan de Tweede Kamer geschreven.

Ook spoorbeheerder Prorail hangt een boete van 1,5 miljoen euro boven het hoofd als de prestaties dit jaar niet verbeteren.

De NS kreeg al in 2012 een voorlopige boete opgelegd, omdat het bedrijf niet aan alle afspraken met de overheid over klanttevredenheid voldeed. Reizigers waren ontevreden over de stiptheid van treinen. Ook vonden ze dat de kans op een zitplaats in de spits omhoog moet en dat servicemedewerkers meer aanspreekbaar moeten zijn.

Omdat de situatie op die punten vorig jaar niet is verbeterd, moet de NS definitief de boete van 2,75 miljoen euro betalen. Het bedrijf, dat vorige week meldde vorig jaar een verlies van 43 miljoen euro te hebben geleden, hield daar al rekening mee.

Voor 2013 legt Mansveld de NS om soortgelijke redenen een voorlopige boete van eveneens 2,75 miljoen euro op. Die wordt kwijtgescholden als het bedrijf in 2014 wel voldoende presteert.

''Ik verwacht dat de NS alles op alles zet om de prestaties verder te verbeteren en de reizigers tevreden te stemmen'', zegt de staatssecretaris. Ze wil de trein zo aantrekkelijk mogelijk maken voor reizigers. ''Zij moeten daarom kunnen rekenen op een trein die op tijd rijdt.''

Ook Prorail dreigt beboet te worden, omdat de punctualiteit op regionale spoorlijnen en van goederentreinen vorig jaar niet hoog genoeg was. In 2012 en 2011 voldeed de spoorbeheerder wel aan alle afspraken.

In een reactie zegt een woordvoerster van Prorail dat ze er alles aan zullen doen om de normen dit jaar wel te halen. Als dat lukt, hoeft de boete niet betaald te worden.

Mansveld besluit begin 2015 of de boetes over 2013 definitief worden.

In een reactie zegt de NS dat de boete een effect is van het winterse en herfstachtige weer. De vervoerder wijst erop dat dertien keer met een aangepaste dienstregeling moest worden gereden. Ook werkzaamheden en storingen leidden tot vertragingen.

De NS wijst erop dat de klanten tevredener zijn over de reinheid van treinen en stations. Ook de informatievoorziening bij verstoringen wordt hoger beoordeeld. De komende jaren wil de NS meer aandacht geven aan trajecten waar klanten vaak met vertragingen of verstoringen te maken hebben.