Phoenix staat erom bekend dat hij weinig loslaat over zijn privéleven. In mei deden geruchten de ronde dat de Joker-acteur en zijn verloofde Rooney Mara hun eerste kind verwachtten. Het is niet precies bekend wanneer het kind geboren zou zijn.

In januari vertelde Phoenix dat hij nog altijd rouwt om zijn overleden broer. River Phoenix, die zelf ook acteur was, kwam in 1993 buiten een nachtclub om het leven na een overdosis drugs.

River Phoenix liet zijn jongere broer kennismaken met films en moedigde hem aan om door te gaan met acteren. Volgens Joaquin Phoenix voorspelde zijn oudere broer dat hij bekender zou worden dan River zelf.