Zijn broer River Phoenix was ook acteur en speelde onder andere in de klassieker Stand By Me (1986). Hij overleed in 1993 op 23-jarige leeftijd aan een overdosis heroïne en cocaïne.

Hij had een grote invloed op de acteercarrière van Joaquin Phoenix en liet hem kennismaken met films. "Ik denk dat in zowat elke film die ik maak een connectie met River te vinden is en dat we allemaal zijn aanwezigheid en sturing blijven voelen in onze levens."

De broers speelden in 1982 samen in de televisiebewerking van de film Seven Brides for Seven Brothers. "Al jaren is het moeilijk om zijn naam te noemen of om erover te praten. Mijn moeder en mijn zussen zijn de personen die de herinnering aan hem levend hebben gehouden."

De 45-jarige acteur zegt dat de manier waarop Amerikaanse media met het overlijden van zijn broer zijn omgegaan, niet goed was voor het rouwproces. "Je bent op je kwetsbaarst op dat moment. Er vliegen helikopters boven je huis en er zijn mensen die proberen je woning binnen te dringen."

Joaquin Phoenix speelde hoofdrollen in Her (2013) en Joker (2019). De laatstgenoemde film is genomineerd voor elf Oscars. Phoenix maakt met zijn bijdrage aan Joker kans op de Oscar voor de beste acteur.